Окончил в 1995 г. режиссерское отделение Уфимского государственного института искусств (мастерская профессора Рифката Исрафилова). Одновременно окончил режиссерские курсы при ВГИКе (ВИППК, мастерская Булата Мансурова). Дипломная работа - «Двенадцать, или мой Декаданс» по поэме А.Блока «Двенадцать» ( 1995 г .). Именно этой постановкой открылась Камерная сцена Национального молодежного театра республики Башкортостан.

Работал актером и режиссером в Государственном Татарском театре «Нур» (Уфа), в Молодежном театре г.Уфы, в Русском драматическом театре г. Стерлитамака, в Театре кукол республики Башкортостан. Работая на ГТРК «Башкортостан», сделал несколько радиоспектаклей по русской и национальной классике. В 2001 году в органном зале Башкирской государственной филармонии поставил спектакль по воспоминаниям Сергея Рахманинова «Последний концерт господина R».

В 2003 году поступил в режиссерскую магистратуру при Школе-студии МХАТ и Центре им. В. Э.Мейерхольда (мастер – Валерий Фокин). С 2003 по 2005 гг. обучался биомеханике под руководством А.А.Левинского. Участвовал в постановках: «Эдип» по Софоклу и С.Беккету (режиссер Алексей Левинский, 2003), «Персы» Еврипида (режиссер Теодорос Терзопулос, 2003). Принимал участие в постановке пьесы В.Жеребцова «Потомок» (Московский театр-студия под руководством Олега Табакова «Табакерка», 2005). А также в совместном проекте Школы-студии МХАТ и «Дебют-центра» - «Страх мыльного пузыря» по пьесам современных российских драматургов.

Весной 2005 года на Камерной сцене Молодежного театра республики Башкортостан осуществил альтернативный театральный проект «Сказки для взрослых», ориентированный на современную драматургию и освоение нестандартных сценических пространств. Программа открылась спектаклем Искандэра Сакаева «Дембельский поезд» А.Архипова. В мае 2005 года выпустил документальный фильм «Дожить до Победы», посвященный судьбе бывшего узника фашистского концлагеря Дахау - Вали Бикташева.

С августа 2005 года - режиссер Российского государственного академического театра драмы им. А.С.Пушкина (Александринского). Был ассистентом режиссера на спектаклях "Эдип-царь" Софокла (режиссер Теодорос Терзопулос, 2006), "Живой труп" Л.Н.Толстого (режиссер Валерий Фокин, 2006), "Чайка" А.П.Чехова (режиссер Кристиан Люпа, 2007). В 2007 году на малой сцене Александринского театра выпустил спектакль "Цветы для Чарли" по роману Дэниела Киза "Цветы для Элджернона". В 2007- 2008 гг. также работал в должности заведующего режиссерским управлением.

Во Владимирском академическом театре драмы  в 2010 году И.Р.Сакаев поставил пьесу Ива Жамиака «Господин Амилькар платит». В режиссерской версии спектакль назывался «Господин, который платит», что подчеркивало масштаб обобщения этой, казалось бы, сугубо частной истории. Сложная социально-психологическая мелодрама, где умный и  деликатный  герой на самом деле достаточно цинично экспериментирует над чувствами людей, в результате выводит зрителя на глобальные размышления о ценности жизни, любви, верности, дружбе, родительской и супружеской ответственности.
В настоящее время И.Сакаев возглавляет петербургский театр «Левендаль» (основан в 2018 г.), который позиционируется  как театр «малых форм и больших идей». Страстный экспериментатор,  пропагандист театра Метафоры, Сакаев интересно и дерзко, но всегда мотивировано работает с классической драматургией, зачастую причудливо раскрывая её в синтезе с татарским этносом —  и на русской почве тоже.